La Secretaría de Gestión Pública emite los Lineamientos de Organización del Estado a través del Decreto Supremo N° 054-2018, establece que los Proyectos Especiales, como lo es Autodema, cuentan con una estructura funcional que se desarrolla en el Manual de Operaciones.
El Proyecto Especial Integral Majes-Siguas – AUTODEMA Autoridad Autonoma de Majes es un órgano desconcentrado del Gobierno Regional de Arequipa. El Gobierno Regional de Arequipa en su ROF 2023, en el CAPITULO IX 08. ORGANOS DESCONCENTRADOS en el ARTICULO 190°, textualmente dice:
El Proyecto Especial Integral Majes-Siguas, es un organo desconcentrado del Gobierno Regional de Arequipa; tiene como finalidad lograr el desarrollo integral del Proyecto Especial Majes-Siguas, asi como garantizar la operacion efectiva de la infraestructura Hidraulica Mayor de su competencia. La organización estructural, funciones y competencias del Proyecto, se establecen en su Manual de Operaciones (MOP) de acuerdo a sus dispositivos legales de creación y disposiciones legales de creación y disposiciones complementarias sobre la materia. Depende jerárquica, funcional y administrativamente de Gobernación Regional.
Por lo que el Proyecto Especial Integral Majes Siguas – Autoridad Autonoma de Majes se rige funcionalmente por Manual de Operaciones (MOP) vigente, aprobado con Ordenanza Regional N° 051-AREQUIPA, del 24-04-2008, publicado en el Peruano el 29-05-2008.